I- Ban lãnh đạo

II- Phòng Tổ chức Hành chính

1.Giúp Lãnh đạo Ban thực hiện kế hoạch và nhiệm vụ công tác, tổ chức, quản lý cán bộ viên chức và người lao động.

2.Quản lý cơ sở vật chất, tài sản của đơn vị.

3.Tham mưu giúp Lãnh đạo ban thực hiện chế độ chính sách theo quy định của Nhà nước đối với người lao động.

4.Tham mưu, đề xuất, giúp lãnh đạo Ban kiện toàn về công tác tổ chức bộ máy, quản lý biên chế của cơ quan. Quản lý hồ sơ cán bộ, viên chức, lao động cơ quan.

5.Thực hiện công việc hành chính quản trị trong cơ quan, thực hiện công tác văn thư lưu trữ theo quy định.

6.Duy trì lịch làm việc, chế độ thông tin báo cáo của cơ quan. Tổng hợp báo cáo tình hình thực hiện công tác tháng, quý năm và các báo cáo khác do Lãnh đạo Ban phân công.

7.Tham mưu, phối hợp các Phòng trực thuộc Ban, đơn vị có liên quan chuẩn bị tổ chức các cuộc họp, hội nghị, hội thảo, tập huấn, các hoạt động đối nội, đối ngoại của cơ quan.

8.Giúp lãnh đạo Ban duy trì, kiểm tra việc thực hiện quy chế làm việc, quy chế dân chủ, các quy định của cơ quan.

9.Tham mưu đề xuất các biện pháp đảm bảo điều kiện cơ sở vật chất, thiết bị làm việc cho các hoạt động chung của cơ quan.

10.Quản lý, vận hành hệ thống điện, nước tại trụ sở cơ quan.

11.Là bộ phận thường trực của Hội đồng thi đua khen thưởng, kỷ luật của cơ quan.

12.Thực hiện các nhiệm vụ khác do Lãnh đạo Ban phân công.

III- Phòng Kế hoạch Tài chính

Chức năng, nhiệm vụ của phòng kế hoạch – tài chính

1.Tham mưu giúp lãnh đạo Ban xây dựng kế hoạch, triển khai nhiệm vụ công tác tài chính, thực hiện kế hoạch tài chính hàng năm của đơn vị. Công tác quản lý các nguồn thu, công tác vệ sinh môi trường cảnh quan trong khu di tích và Rừng quốc gia Yên Tử thuộc các khu vực được giao quản lý.

2.Thực hiện chế độ thu – chi và thanh quyết toán tài chính theo quy định, báo cáo công khai tài chính theo quy định hiện hành, tham mưu sử dụng kinh phí có hiệu quả.

3.Quản lý vốn, tài sản của đơn vị.

4.Quản lý, kiểm tra giám sát các hoạt động có thu tại Khu di tích Yên Tử.

5.Kiểm tra, giám sát, đôn đốc, hướng dẫn và thực hiện Quy chế chi tiêu nội bộ; Thực hành tiết kiệm, chống lãng phí trong chi tiêu; Tạo sự công bằng trong đơn vị, khuyến khích tăng thu, tiết kiệm chi.

6.Tham mưu giúp việc cho lãnh đạo Ban:

• Theo dõi, đôn đốc, giám sát các dự án đầu tư trong khu di tích – danh thắng Yên Tử, Rừng quốc gia Yên Tử.
• Xây dựng kế hoạch đầu tư xây dựng cơ bản hàng năm và dài hạn. Triển khai tổ chức thực hiện các dự án đầu tư, các hạng mục công trình theo phân cấp quản lý.
• Tham mưu cơ chế chính sách trong lĩnh vực đầu tư sử dụng nguồn vốn ngân sách và các nguồn vốn khác.
• Tham mưu các văn bản liên quan đến kế hoạch tài chính của cơ quan.
• Sắp xếp và lưu trữ hồ sơ công trình xây dựng cơ bản  đã hoàn thành theo quy định.
• Trồng, chăm sóc, phòng trừ sâu bệnh và quản lý vườn hoa, cây cảnh, cây ven đường, cây cảnh quan, cây bóng mát trong phạm vi quản lý của Khu di tích và Rừng quốc gia Yên Tử. Chủ trì phối hợp thực hiện khắc phục môi trường do mưa lũ, thiên tai gây ra.
• Thực hiện việc quản lý, bảo vệ, bảo dưỡng, duy tu, nạo vét cống rãnh, vệ sinh tuyến đường du lịch từ ngã ba Dốc Đỏ vào Bến xe Giải Oan, các đường được giao quản lý, các tuyến đường hành hương đi bộ trong khu di tích Yên Tử, các tuyến đường tuần tra bảo vệ, du lịch trong Rừng quốc gia Yên Tử.
• Tổ chức tốt việc thu phí, lệ phí các khoản thu theo quy định tại Khu di tích và Rừng quốc gia Yên Tử.
• Thực hiện các nhiệm vụ khác do lãnh đạo Ban phân công.

IV- Phòng Quản lý bảo vệ di tích

Chức năng nhiệm vụ của phòng:

1.Giúp lãnh đạo Ban thực hiện các nhiệm vụ chuyên môn, công tác quản lý bảo vệ an toàn khu di tích. Xây dựng và thực hiện các phương án bảo vệ khu di tích danh thắng Yên Tử.

2.Ngăn chặn các hoạt động mê tín dị đoan, bán hàng không đúng nơi quy định trong Khu di tích. Ngăn chặn các hành vi xâm hại Khu di tích. Phát hiện và xử lý kịp thời các hành vi vi phạm trái với quy định của Nhà nước về nhiệm vụ bảo vệ Khu di tích Yên Tử. Lập hồ sơ ban đầu các vụ vi phạm về quản lý bảo vệ di tích và chuyển giao cho cơ quan chức năng sử lý theo quy định.

3.Bảo vệ các đoàn khách đến thăm Khu di tích.

4.Bảo vệ, tài sản và các cơ sở vật chất trong Khu di tích.

5.Chủ trì thực hiện công tác phòng chống cháy nổ, y tế, cứu hộ, cứu nạn trong Khu di tích. Phối hợp kiểm tra đảm bảo công tác an ninh trật tự, vệ sinh an toàn thực phẩm.

6.Quản lý nhà nước các hoạt động văn hóa tín ngưỡng tôn giá trong Khu di tích của các vị chức sắc tu hành và phật tử đến lễ Phật, tham quan vãng cảnh  tại Khu di tích Yên Tử.

7.Thực hiện công tác bảo vệ các di tích, phế tích, các Chùa, Am, Tháp, các nhà bảo tàng, các cơ sở hạ tầng, tài sản, công trình nhà nước, tượng pháp, đồ thờ tự trong khu di tích.

8.Kiểm tra, giám sát các hoạt động bảo tồn, tôn tạo khu di tích Yên Tử. Tham gia sưu tầm các hiện vật tại Khu di tích.

9.Phối hợp quản lý dịch vụ, quản lý sử dụng đất trong Khu di tích.

10.Tham gia hướng dẫn du khách hành lễ theo quy định tại Khu di tích.

11.Thực hiện các nhiệm vụ khác do lãnh đạo Ban phân công.

V. Phòng Nghiệp vụ tuyên truyền