Xưa kia Chùa chỉ là am thất nhỏ, gọi tên là am Tử Tiêu. Sau khi Phật Hoàng Trần Nhân Tông hiển phật, đệ nhị tổ Pháp Loa đã cho xây dựng nơi đây thành chùa lớn.  Năm 2001, trung tâm Unesco nghiên cứu, ứng dụng phật học Việt Nam đã vận động phật tử công đức xây dựng chùa.

Trước cửa Chùa Vân Tiêu có Vườn tháp vọng tiên cung (nghĩa là nhìn thấu suốt tới tiên cung). Cụm tháp gồm 06 ngọn tháp xây bằng đá và gạch. Ngọn tháp chính giữa cao 09 tầng gọi là cửu trùng đài, xây vào thời Nguyễn, được xây bằng đá núi, hình lăng trụ bát giác, tám mặt tháp tượng trưng cho bát chính đạo. Vườn tháp “Vọng Tiên Cung” giống như Hòn ngọc quý cùng hai cây Tùng tươi tốt cành lá sum xuê đứng ở hai bên nổi bật trên nên xanh biếc của núi rừng Yên Tử. Đây không phải là tháp mộ nhà sư, mà chỉ là một ngôi tháp thờ phụng chung cho tất cả các chư liệt, tiền tổ. 05 ngôi tháp còn lại, tất cả đều nhỏ bé, khiêm cung, đó là 5 tháp mộ của các thiền sư đức cao, đạo trọng, tu hành ở Vân Tiêu và viên tịch ở đây.