Tháp Tổ nằm ở vị trí trung tâm của vườn tháp, là nơi lưu giữ xá lợi của Phật Hoàng Trần Nhân Tông. Tháp do Vua Trần Anh Tông cùng Triều Đình và Đệ Nhị Tổ Pháp Loa cùng các tăng sĩ thiền phái Trúc Lâm xây dựng vào năm Kỷ Dậu, niên hiệu Long Hưng thứ 17 đời Vua Trần Anh Tông (1309), sau khi Phật Hoàng Trần Nhân Tông nhập niết bàn (1308).

Khu Vườn tháp Tổ là nơi tụ vương linh khí của long mạch Yên Tử, phía sau Tháp Tổ là hai Mắt Rồng tụ thủy, lưu giữ khí thiêng sông núi, ở giữa hai hàng tháp mộ là đường lát gạch hoa cúc thời Trần tượng trưng con đường giác đạo, với ý nghĩa tôn kính anh linh Phật Hoàng Trần Nhân Tông thượng đường giảng kinh truyền giáo ở Chùa Vân Yên như lúc sinh thời.