Am Hoa, là nơi trồng hoa để dâng lên cúng Phật, cũng là nơi tọa thiền của Thiền sư. Hiện nay các Am trên vẫn còn những dấu tính.

Am Dược, còn có tên là Am Thuốc nằm ở trên sườn dãy núi Thanh Long (Rồng Xanh) ở phía Đông chùa Hoa Yên. Trước khi về Yên Tử Vua Trần Nhân Tông đã cho dựng Am này. Khi về Yên Tử tu hành Điều Ngự đến ở nơi đây. Núi rừng Yên Tử có rất nhiều thảo dược quý nên Điều Ngự đã cho các đệ tử, chúng tăng lấy thảo dược về luyện chế thuốc để cứu độ chúng sinh, chữa bệnh cho các tăng sĩ và người dân quanh vùng cũng như mỗi khi Điều Ngự đi giáo hóa khắp chốn thôn dã, thị thành mang theo các thuốc được luyện chế ở đây để chữa bệnh cho muôn dân.

Thác Bạc là dòng suối từ dãy núi Thanh Long, chảy thành một dòng trắng bạc tạo nên cảnh sắc thiên nhiên kỳ vĩ.