Đến đầu thế kỷ XIX chùa được dựng lại với kiến trúc chữ Nhất trên nền chùa cũ nhưng quy mô nhỏ hơn. Đầu thế kỷ XX, Chùa bị hoả hoạn, có bà Phật tử họ Bùi đã phát tâm công đức phục dựng lại ngôi chùa theo kiến trúc hình chữ Đinh rộng hơn chùa cũ với kiến trúc 03 gian tiền đường, một gian hậu cung. Trong cuộc kháng chiến chống Pháp chùa bị phá huỷ. Vào năm 1993 bằng nguồn công đức của nhân dân trong vùng, chùa được xây dựng lại với kiểu kiến trúc nhà cấp 4, có 03 gian. Đến năm 1999 chùa được tu sửa khang trang.

Năm 2006 bằng nguồn đầu tư của Nhà nước và nguồn công đức của du khách thập phương  chùa Bí Thượng được xây dựng và mở rộng với quy mô to lớn như hiện nay.Chùa Bí Thượng trở thành ngôi chùa Trình của cả hệ thống chùa tháp Yên Tử. Là Trụ sở của Ban trị sự Giáo hội Phật giáo tỉnh Quảng Ninh