Hơn 700 năm trước, Chùa Hoa Yên chỉ là một am thất nhỏ, có tên là Vân Yên, là nơi Đệ Nhất Tổ Trúc Lâm Điều Ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông tu hành và giảng đạo. Đến thời Đệ Nhị Tổ Pháp Loa, Chùa được xây dựng nguy nga, tráng lệ.

“Tháp biếc trăm tầng cao ngất ngất

Lầu son mấy nóc rộng thênh thênh”

Năm 1317, Đệ Tam Tổ Huyền Quang được Đệ Nhị Tổ Pháp Loa truyền y – bát, Tâm Kệ của Điều Ngự và về trụ trì chùa Vân Yên. Hơn một trăm năm sau, Vua Lê Thánh Tông về đây vãng cảnh Chùa. Thấy cảnh sắc tốt tươi, muôn hoa hoa đua nở, nhà Vua đã đổi tên Chùa Vân Yên thành Chùa Hoa Yên.

Chùa xưa  có quy mô lo lớn, có lầu trống, lầu chuông, viện Phù Đồ, nhà dưỡng tăng, nhà giảng đạo…Chùa đã được trùng tu nhiều lần. năm 2002, bằng nguồn vốn đầu tư của Nhà nước và công đức của thập phương, Chùa Hoa Yên đã được xây dựng lại trên nền Chùa thời Trần, có tiền đường, hậu cung, có tả vu làu chuông, hữu vu lầu trống, phía sau hậu cung là nhà thờ Tổ tạo nên không gian kiến trúc kiểu “Nội công ngoại quốc”.

Từ Chùa Hoa Yên đi về bên trái khoáng 200m tới thác Ngự Dội, Am Thiền Định, đường Tùng, vách núi Thạch Thảo rồi tới Thác Vàng. Đi về bên phải khoảng 200m tới Chùa Một Mái thượng sơn lên Chùa Bảo Sái, Chùa Vân Tiêu rồi lên An Kỳ Sinh, Bảo tượng Phật hoàng Trần Nhân Tông và tới Chùa Đồng hoặc đi theo sườn núi qua nhà ga cáp treo 3 để tới Am Diêm, Am Hoa, Thác Bạc và Am Dược, thăm những dấu tính của Thiền phái Trúc Lâm và thưởng ngoạn cảnh sắc thiên nhiên tươi đẹp của núi rừng Yên Tử.